내년부터 모회사와 자회사를 하나의 과세단위로 묶어 법인세를 과세하는 연결납세제도가 시행된다.

국세청은 29일 지금까지 모회사와 자회사를 각각의 과세단위로 보고 법인세를 과세하는 개별납세제도를 시행해 왔으나 내년부터는 연결납세제도가 시행돼 각 기업은 개별납세제도나 연결납세제도 중 하나를 선택해 시행하면 된다고 밝혔다.

연결납세방식 적용대상은 모회사와 완전지배관계(지분율 100%)에 있는 자회사로 2007년 귀속 모회사 기준 약 1천800개다. 단, 우리사주조합 또는 주식매수선택권의 행사에 따라 취득한 주식은 5% 범위에서 예외를 허용한다. 비영리법인이나 청산이 진행 중인 법인, 투자회사 즌 페이퍼컴퍼니는 적용되지 않는다.

국세청은 기업의 조직 선택에 있어 같은 기업 내의 사업부로 하든 별도의 자회사로 하든 세부담이 동일하게 유지될 수 있고, 각 법인의 소득과 결손금을 통산해 연결법인간 거래에서 발생된 이익을 과세이연해 오히려 세부담이 감소될 수 있다고 설명했다.

기업은 현행 개별납세방식과 새로운 연결납세방식 중 하나를 선택할 수 있으며 연결납세방식을 선택하면 앞으로 5년간 계속 적용해야 한다.

내년 1월1일 사업연도가 시작되는 기업이 연결납세방식을 적용받으려면 내년 2월1일까지 관할 세무서에 신청서를 제출해야 한다.

모회사는 각 연결사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 연결소득에 대해 세액을 신고해야 하며 자회사는 별도의 신고의무가 없다. 자회사는 법인세액을 신고 기한까지 모회사에 지급하면 된다.