세무당국이 삼성전자와 마이크로 소프트(이하 MS) 사이에 맺어진 특허권 사용료(로열티)에 대해 징수한 법인세를 되돌려줘야 할 처지에 몰렸다.

수원지법 행정2부(홍승철 부장판사)는 삼성전자가 세무당국을 상대로 낸 법인세 원천징수 처분 등 취소 소송에서 원고 승소판결을 내렸다고 24일 밝혔다.

재판부는 “외국 법인의 국내원천소득에 관해서는 소득세법 및 법인세법보다 조세조약이 우선한다”며 “국내에 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용돼 대가로 받은 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라야 한다”고 판시했다.

이어 “한미조세협약은 미국법인이 국내에 특허권을 등록해 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 사용 대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정했을 뿐”이라며 “국내에 등록하지 않은 경우에는 국내원천소득으로 볼 수 없다”고 대법원 판례를 들어 설명했다.

재판부는 이 같은 법리는 해당 특허권이 국내에 등록되지 않는 이상 미국 이외에도 마찬가지로 적용된다고 부연, 삼성전자와 MS의 손을 들어주면서 원고 청구 취지에 따라 문제가 된 법인세 원천세 113억원에 대해 징수처분 취소 판결을 내렸다.

삼성전자는 2011년 7월 안드로이드 기반 스마트폰 사업에 필요한 MS의 특허권을 사용하고 그 대가를 지급하기로 MS와 계약을 체결했다.

특허 사용료에 대한 법인세는 한미조세협약에 따라 제한세율 15%를 적용해 세무당국에 납부했다.

삼성전자가 MS에 특허 사용료를 주면서 일부를 법인세로 떼어놓고 세무처리를 하는 방식을 취한 것이다.

세무당국은 2016년 법인세 통합조사과정에서 삼성전자가 2013사업연도에 MS로부터 받아야 할 690억원을 특허권 사용료와 같은 금액에서 상계하고 나머지 금액만 법인세 납부 사실을 확인, 삼성전자가 법인세를 과소 납부한 것으로 보고 690억원에 대한 법인세 113억원을 징수했다.

삼성전자는 조세심판원에 이 처분을 취소해달라는 심판을 냈다가 기각당했고, 다툼은 소송으로 이어졌다.

/박건기자 90virus@